Не менее важной была и рыбная промышленность. Ханты-Мансийский госрыбтрест, созданный в 1943 году, объединял несколько рыбозаводов, консервных комбинатов и моторно-рыболовных станций. За годы войны улов рыбы значительно увеличился: если в 1940 году было добыто 134,6 тысяч центнеров рыбы, то в 1943 году этот показатель достиг 311 тысяч центнеров. Рыбоперерабатывающие предприятия выпускали консервы, мороженую и соленую рыбу, технический жир и клей. Самаровский рыбоконсервный комбинат, например, за годы войны произвел более 28 миллионов банок консервов.